生物工程实验室于2002年1月开始筹建，投入经费100万元左右,共购买生物类仪器30台,并于同年9月开始招收第1届生物工程专业本科生。2005年6月生物工程实验室在化学楼南楼1楼正式挂牌,面积共计359平方米,投入经费165万,仪器共计86台。截止到目前,先后共投入经费260多万元，购买将近120台的仪器。2013年8月生物工程实验室迁址至桂华山楼，面积共计450平方米。

生物工程实验室现有实验技术人员2人，其中1人具有博士学位，1人具有硕士学位。实验室目前承担生物工程专业实验、生物化学实验及微生物学实验。实验室主要仪器有：荧光显微镜、厌氧工作站、发酵罐、酶标仪、高效毛细管电泳、高速冷冻离心机、紫外可见分光光度计、恒流泵、全自动部分收集器、核酸蛋白检测仪、垂直电泳槽、水平电泳槽、凝胶成像系统、紫外分析仪、超净工作台、电热恒温培养箱、PCR仪、高压灭菌锅、气相色谱仪、恒温水浴锅、高速离心机、恒温回转式摇床、酸度计、制冰机、冰箱、超低温冰箱、电子天平、磁力搅拌器、脱色摇床、无油真空/压力泵、紫外可见分光光度计、电热鼓风干燥箱、液氮罐、超声波清洗机、微波炉、细胞破碎仪、消解仪、糖度计、旋转蒸发仪、灭菌锅、二氧化碳培养箱、氮吹仪、迷你振荡器、超低温水浴。